Fundada en 1953, su origen se remonta a la congregación mariana de San Luis Gonzaga de la iglesia de San Agustín, dirigida por el padre Villamil, asociación que agrupaba a jóvenes universitarios de aquella época. 

Su primer presidente fue José Besada Varela, que reunió a su alrededor a 26 cofrades fundadores para salir en procesión en 1953.

Desde 1978 al 2014 su presidente fue Manuel Besada Varela y, durante esos años, la cofradía ayudó al resurgir de diversas cofradías y procesiones. De hecho, esta cofradía fue la responsable de realizar el primer viacrucis de Semana Santa por las calles de la ciudad que, posteriormente, pasó a manos de la Coordinadora de Asociaciones Religiosas Seglares. Posteriormente, entre 2014 y 2018, asumió la presidencia Antonio Llovo Guillán entre el 2018 y 2022 Juan García Lavandeira y, en la actualidad, el presidente de la cofradía es Francisco Javier Santos Martínez.

La cofradía sale la noche del Jueves Santo. Congrega a más de 350 cofrades y su procesión tiene especial relevancia en la ciudad por su carácter penitencial. En total silencio, que solamente es interrumpido por las cornetas y tambores de su propia banda, cuenta con numerosas cruces y cadenas que, en acto de penitencia, llevan consigo alguno de los cofrades. A su vez, cabe destacar que la mayoría de los cofrades, que visten de hábito y capuchón, puños y cíngulo de color azul; procesionan en su mayoría descalzos. 

NUESTRO PADRE JESÚS FLAGELADO

La imagen de Nuestro Padre Jesús Flagelado fue tallada por Diego de Sande en el primer tercio del siglo XVIII. Propiedad de los Jesuitas, cuenta con un altar y está expuesta durante todo el año en la sede de la cofradía, la iglesia de San Agustín. 

Su paso, adornado con claveles de color rojo, es característico por ser portado a hombros y por el ruido que hacen las horquillas que los portadores utilizan como apoyo cuando baten contra las piedras del casco histórico de la ciudad.