A existencia da Confraría da Vera Cruz na cidade non está datada con exactitude, pois non existen documentos que nos permitan dar una data exacta da súa da existencia. Din os historiadores que probablemente sexa unha das primeiras confrarías que se fundaron na cidade pois a súa creación, en moitos lugares da xeografía, non só española, senón a nivel mundial, está estreitamente relacionada coa presenza de comunidades franciscanas. Cabe destacar que a comunidade de San Francisco de Santiago de Compostela a fundou o mesmo santo, que peregrinou ao sepulcro de Santiago no ano 1214. Existen documentos e referencias á Confraría da Vera Cruz no ano 1532, co cal é probable que a principios do século XVI xa existise a confraría que, moi probablemente, tivese como fin a devoción á Santa Cruz, e sábese que era a encargada de organizar a procesión de Xoves Santo.
A existencia da Cruz de Terra Santa, que contén unha reliquia da Cruz de Cristo, na igrexa conventual dos franciscanos de Santiago pódenos dar unha idea desta devoción, que ademais foi venerada participando nas celebracións do viacrucis da Semana Santa compostelá. A vinculación do Concello da cidade coa confraría vén xa de moi cedo, xa que o consistorio adoitaba ditar medidas para a mellor ordenación do devandito “festival relixioso” como poden ser as normas ditadas no ano 1570. Debe destacarse que neses tempos a procesión se realizaba de noite, no seu percorrido e atravesaba a catedral e o mosteiro de San Martiño Pinario, e nela participaban multitude de disciplinantes. Estes tres puntos foron motivo de numerosos litixios, e foi o dos disciplinantes un dos maiores debido aos “excesos penitenciais” destes.
A confraría, incrementa o seu labor de catequese conducida polos acordos tomados tras o Concilio de Trento, onde a igrexa católica impulsa a educación da doutrina a través das imaxes piadosas. Así, a confraría, que nun principio soamente contaba coa presenza dun crucifixo, foise enriquecendo cos seguintes pasos:
- ⇒ A Última Cea (mesa do apostolado)
- ⇒ A Oración no Horto
- ⇒ O Prendemento
- ⇒ O Ecce Homo
- ⇒ A Cruz a Costas
- ⇒ A Verónica
- ⇒ A Crucifixión (o Desencravo)
Extinguida anos antes a confraría, foi o Concello quen en 1663 lles impuxo aos gremios da cidade e despois, en 1672, aos veciños a obriga de pagar a procesión de Xoves Santo, e esta carga é obriga dalgúns veciños nomeados polo consistorio como mordomos. Dende o ano 1719 é o Concello quen asume directamente a organización e pago dos gastos á comunidade de San Francisco. O concello seguirá contando ademais coa participación dos once gremios composteláns, que seguirían encargándose da saída de cada un dos diferentes pasos que formaban parte da procesión do Xoves Santo.
No século XIX prodúcense importantes cambios, xa que froito da acción do tempo e da barbarie das tropas francesas, que, aloxadas no convento de San Francisco, as romperon cos seus sabres.
Nos anos seguintes pídense imaxes prestadas á Congregación de Dolores como consta aínda no ano 1882; habilitouse unha Última Cea con figuras de pasta e roupas de pouco decoro. Foi por ese motivo que se decidiu o encargo dun novo paso e a venda do existente á parroquia do Pino.
No ano 1868 remátase a realización do actual grupo escultórico da Santa Cea, obra do escultor santiagués don Juan de Sanmartín, e o encargado da policromía foi D. Vicente Lázaro Ferrer.
A procesión continuou saíndo ata máis alá dos anos setenta del pasado século, aínda que con algúns cambios, pois era a Venerable Orde Terceira de Santiago de Compostela quen pasou a prestar unha imaxe da Virxe Dolorosa para a procesión do Xoves Santo.
Tras a súa desaparición durante uns anos, foi o propio consistorio compostelán, quen, con motivo do Ano Santo compostelán de 1993, toma a decisión de volver a costear a procesión. Os P.P. Franciscanos animan a súa organización e retoman o desfile procesional na tarde do Xoves Santo dese mesmo ano.
No ano 1997 o concello dálles poder aos P.P. Franciscanos para a refundación da antiga Confraría da Vera Cruz que ese mesmo ano se pon en marcha grazas a un grupo de segrares que comezan a traballar baixo a advocación da Santa Cruz, e no ano 2001 reciben a aprobación canónica dos seus estatutos.
No ano 2002 incorpórase, tras unha doazón por parte da Compañía de María, unha imaxe de Xesús Cativo que formará parte do desfile procesional do Xoves Santo e que contará con gran devoción por parte de moitos composteláns.
A confraría foi pouco a pouco crecendo e no ano 2010 incorpora aos seus desfiles procesionais unha anda para corenta portadores para portar a imaxe da Virxe. Neste mesmo ano a Confraría, co obxectivo de engrandecer aínda máis a Semana Santa da cidade, decide organizar a procesión do encontro de Xesús Resucitado coa súa Nai, e que os primeiros anos sairá cunhas imaxes cedidas.
Para o desfile procesional do Xoves Santo séguese contando coa colaboración da Venerable Orde Terceira, pero no ano 2011 encárgaselle ao tallista galego Victor Vecino unha imaxe da Virxe para que a confraría dispoña dunha imaxe propia para os seus dous desfiles procesionais. A policromía da devandita imaxe é obra de Sandra Vecino.
Xa no ano 2011 encárgaselles unha talla de Xesús Resucitado aos mesmos autores, que se estrea na Semana Santa dese ano. Neste mesmo ano, coa colaboración da comunidade franciscana de Santiago, a confraría recupera a representación do Desencravo do Noso Señor, que xa de antigo se celebraba na igrexa conventual de San Francisco durante a celebración solemne dos oficios de Venres Santo.
No ano 2014, con motivo do 800 aniversario da peregrinación de san Francisco a Santiago de Compostela e da fundación da comunidade franciscana de Santiago de Compostela, a confraría recibe o título de franciscana de mans do Xeneral da Orde Franciscana, D. Xosé Rodríguez Carballo.
Neste ano a confraría embárcase nun novo desfile procesional para engrandecer a semana de paixón en Compostela, organízase, dende entón e xa coa axuda da Confraría dos Franciscanos de Noia, a procesión da Oración no Horto e do Prendemento na noite do Martes Santo.
No ano 2018 decídese que a imaxe da Virxe sexa venerada baixo la advocación da Nosa Señora da Candeloria, e a súa festividade celébrase anualmente.
Para lle dar máis vitalidade á Banda de Cornetas e Tambores existente na Confraría dende a súa refundación, dende o ano 2017 a Confraría organiza o certame de música confrade Paixón no Camiño. A antiga banda de cornetas e tambores sofre unha transformación no ano 2018 e pasa a ser a Sección Musical Vera Cruz e incorpora novos instrumentos e composicións ao apartado musical.